Diversi anni nel futuro dopo gli eventi della storia di Yugi Mutou, Domino City è diventata l'ombra di ciò che era un tempo: Neo Domino City e la società è stata divisa in ricchi e poveri. Molto in voga sono i "Duelli Turbo", la nuova modalità di gioco del Duel Monsters. In questo contesto appare Yusei Fudou, un giovane uomo che vive ai margini della società. Il suo desiderio di reclamare ciò che un vecchio amico gli sottrasse, si trasforma in molto più di quello che lui e molti dei suoi nuovi compagni chiamati "Predestinati" avrebbero mai potuto immaginare