Dopo l'apparente distruzione dell'organizzazione terroristica internazionale nota con il nome di Cobra i membri del gruppo speciale G.I. Joe continuano a fare il loro lavoro in giro per il mondo; Duke è ora stabilmente a capo di un'unità, composta da soldati come il sergente maggiore Roadblock, mitragliere della squadra, la giovane e dura Lady Jaye, il presuntuoso ma abile specialista Flint, il cecchino Mouse e altri; Snake Eyes è momentaneamente assente, a caccia dei Cobra sfuggiti, in primis Storm Shadow e Zartan. I Joe ignorano però che nel film precedente Zartan ha assunto le sembianze del presidente degli Stati Uniti e li controlla dalla Casa Bianca. Quando il presidente del Pakistan viene assassinato il presidente/Zartan manda i G. I. Joe a recuperare una testata nucleare da un silos di lancio per missili; la squadra esegue senza problemi la missione, ma mentre si preparano a trasportare l'obiettivo in un posto sicuro, degli strani microrobot simili a lucciole (capaci di volare e lampeggiare) si dispongono intorno a loro ed esplodono, e i superstiti vengono attaccati da alcuni assaltatori di Cobra, venuti a sterminarli. Solo Roadblock, Flint e Lady Jaye si salvano, nascondendosi in un pozzo. Zartan/Presidente, dopo avere fatto visita al vero presidente, rinchiuso in una casa di campagna, tiene una conferenza stampa in cui produce false prove che accusano Snake Eyes di essere l'assassino del suo collega pakistano, e continua sostenendo che i G. I. Joe hanno inscenato il tutto per mettere le mani sulla testata; in conclusione Zartan invita i capi delle potenze atomiche mondiali a un summit per discutere una politica di disarmo. Snake Eyes viene arrestato e condotto in Germania, in un carcere americano supersegreto situato centinaia di metri sottoterra, cosa che consente di sfuggire ai regolamenti di qualunque nazione; qui sono prigionieri anche il Comandante Cobra e Destro, tenuti in animazione sospesa, una sorta di sonno da svegli. Snake Eyes avverte il d