Le jeune Cody Banks mène une double vie. Aux yeux de tous, c'est un adolescent comme les autres, passionné de skate-board et d'informatique. En réalité, Cody a reçu un super entraînement dans un centre spécial supervisé par la CIA et est devenu agent secret. Sa première mission sera de surveiller l'inquiétant Dr. Connors, le créateur de robots microscopiques néanmoins assez puissants pour mettre le monde en péril...